Los orígenes del Real Felipe se remontan al siglo XVIII, cuando el Callao era el puerto más importante del Virreynato del Perú y España embarcaba a través de él todas las riquezas con rumbo al antiguo continente.

Por este motivo, los piratas y corsarios siempre merodeaban estos mares y de cuando en cuando atacaban el puerto, como las incursiones efectuadas en 1579 por Francis Drake, Tomas Cavendish en 1587, Hawkins en 1594, el holandés Spitzberg en 1615, el corsario francés Anson en 1742, entre otros. Es por esto que el Callao siempre estuvo fortificado con murallas que rodeaban la ciudad.

Su historia está relacionada con decisivos momentos de nuestra historia como la Capitulación de Rodil en 1826 y el Combate del 2 de Mayo en 1866.

La construcción fue cinco veces sitiada y jamás vencida. Además, sirvió de refugio y cuartel a muchísimos protagonistas de la historia del Perú.

Fue un bastión importante del poder español sobre todo en la guerra de la independencia, resistió el ataque de Cochrane, y obligó a San Martín a desembarcar por Huacho.

También constituyó lugar de defensa de la República ante la fallida reconquista del Perú, en el Combate del Dos de Mayo de 1866.

El museo de la Fortaleza del Real Felipe actualmente se encuentra a cargo del Ejército del Perú. Allí se pueden apreciar las diversas etapas que ha vivido dicha institución castrense.